Kuigi allogeenne siirdamine erineb autoloogsest siirdamisest esmapilgul vaid vereloome tüvirakkude päritolu poolest, siis just tänu sellele, et kasutatakse doonorilt pärinevaid rakke lisanduvad allogeense siirdamise puhul aspektid, mida autoloogse siirdamise juures ei ole. Sarnaselt autoloogsele siirdamisele eelneb siirdamisele siirdamiseelne keemiaravi või ka kiiritusravi või nende kombinatsioon, millel on kolm eesmärki: kasvajarakkude hävitamine, oma vereloome hävitamine, selleks, et luua luuüdisse ruumi doonori rakkudele ning immunsupressioon vältimaks nii äratõuke kui ka transplantaat peremehevastast reaktsiooni. Siirdamiseelse ravi valik sõltub nii patsiendi diagnoosist, kui ka doonorist (sugulasdoonor, registridoonor või haploidentne doonor) kui ka vereloome tüvirakkude päritolust (luuüdist või perifeersest verest pärinevad tüvirakud), allogeense siirdamise eelne ravi võib kesta mõnest päevast kuni kahe nädalani. Kuna allogeense siirdamise korral kasutatakse doonorilt pärinevaid vereloome tüvirakke, siis enamasti peab siirdamisprotsessi edukaks läbiviimiseks kasutama lisaks keemia ja/või kiiritusravile nii siirdamiseelselt kui siirdamisjärgselt immuunsupressiivseid ravimeid. Allogeense siirdamise puhul doonori tüvirakke reeglina ei külmutata, vaid need kogutakse doonorit vahetult siirdamise või siirdamiseelsel päeval. Doonorilt pärinevad rakud kantakse patsiendile üle veenisiseselt ja tehniliselt meenutab see verekomponentide ülekannet.
Kuna doonorilt pärinevate vereloome tüvirakuprodukt sisaldab lisaks doonori tüvirakkudele ka hulgaliselt doonori immuunsüsteemi rakkusid, mis patsiendile ülekantuna on võimelised tuvastama võimalikke allesjäänud kasvajarakke ja need hävitama. Seda nimetatakse transplantaat leukeemia (kasvaja) vastaseks reaktsiooniks.
Vereloome taastumine võtab allogeense siirdamise korral mõnevõrra rohkem aega kui autoloogse siirdamise puhul, vereloome hakkab taastuma kuskil kaks nädalat peale rakkude ülekandmist ning lõplik taastumine on aeglasem kui autoloogse siirdamise korral. Spetsiifilisemate immuunsüsteemi komponentide taastumine võib võtta 1- 2 aastat aega.
