Tartu Ülikoolis on silmahaigusi lugenud üldkirurgia kursuse vältel mitmed kirurgiaprofessorid: M.E. Kauzmann (1805-1810), I.L. Jochmann (1811-1814), C.H. Moier (1814- 1836), N.I. Pirogov (1836-1841), kes avas ka ajutiselt silmahaigla Tartus, mis oli esimene Baltimaadel (1836-1841), G. Adelmann(1841-1871), avas kirurgilis- oftalmoloogilise kliiniku (1843-1867).
Jaanuarist 1868 avas professor Georg von Oettingen esimese 24 kohalise silmakliiniku Tartus. Selleks osteti mansardkorrusega kivimaja Vallikraavi ja Maarjamõisa tänava nurgale. 10.Septembril 1871 avati pidulikult Tartu Ülikooli silmahaiguste õppetool, mille juhatajaks sai prof. G.v.Oettingen (1867-1879). Teadustöös kirjeldas ta silmalimaskesta amüloidset degeneratsiooni, trahhoomi nakkuslikku olemust, silmavigastusi Vene-Türgi sõjas. Ta oli ka ülikooli rektor ja Tartu linnapea.
Järgmine silmakliiniku juhataja oli prof Eduard Raehlmann (1879-1900), kelle koolist on võrsunud rida tuntud oftalmolooge. Kliinik oli populaarne, haigeid käis üle kogu Venemaa, tekkis ruumipuudus ja 1882. a ehitati vanale majale kahekordne puust juurdeehitus, mis rahuldas kliiniku vajadusi 1938. aastani. E. Raehlmann tegeles füsioloogilise optikaga, skopolamiini kasutamisega oftalmoloogias, veresoonte muutustega aneemia korral. 1889.a. kirjeldas ta esmakordselt veresoonte ristumisfenomeni ateroskleroosi korral, mis on saanud oma nime hilisemate autorite Gunn'i (1892) ja Salus'e (1929) järgi. Tema juhendamisel kaitsti 32 dissertatsiooni.
E. Raehlmann'i asemel määrati 1900 a prof Theodor Ewetzky (1900-1909), kes oli seni Moskva Ülikooli professor, ta luges loenguid vene keeles. Teadustööd olid tal oftalmoonkoloogia, silmaparasiitide ja silma väärarendite alal. Erilist tähelepanu pööras ta vilunud patoloog-anatoomia kliiniku laboratooriumile. T. Ewetzky rajas silmakliiniku kõrvale üle linna tuntud roosiaia, aednikuks oli M. Lepik, pärastise tuntud Pärnu silmaarsti A. Lepiku isa.
T. Ewetzky surma järel jäi oftalmoloogia kateeder kaheks aastaks vakantseks, kuna haridusminister ei kinnitanud teaduskonna poolt valitud kandidaati. Ametlikuks juhatajaks määrati füsioloogia professor Kurtðinski, silmahaigusi luges vanemassistent J. Osolin. 1911. a määras haridusminister professoriks Aleksander Ljutkewitch'i. (1911-1918), kelle peamised huvialad olid laboratoorium ja raskekujulise lühinägevuse operatiivne ravi. Kolmeaastase rahuliku töö järel puhkes I Maailmasõda ja hiljem revolutsioon. 1917. a evakueeriti ülikool koos silmakliinikuga Voronezi, kus A. Ljutkewitsch juhatas silmakliinikut oma surmani 1928. aastal.
Tartu silmakliiniku töö jätkus katkendlikult (1918-1920), puudus sisseseade, meditsiiniline aparatuur ja arstiriistad, statsionaar oli suletud. Saksa okupatsiooni ajal (1918) juhatas kliinikut lühikest aega prof. W. Löhlein Saksamaalt. Vabadussõja ajal (1919) asus kliinikus Eesti Punase Risti laatsaret, 1920 a riigikohus ja hiljem Venemaalt tulnud optantide keskus. Detsembris 1920 a kutsuti õppetoolile professoriks Peterburi silmahaigla juhataja Ernst Blessig (1920-1930), kes taastas silmakliiniku töö, muretses instrumentaariumi ja aparatuuri ning alustas 1921.a. teisel poolaastal regulaarse kliinilise ja õppetööga. Ta pani aluse kliiniku preparaatide kogule ja muretses uuesti korrapärase raamatukogu.
E. Blessig emeriteerus 1930.aastal ja kliinikut hakkas juhatama dots Jaan Uudelt (1930-1941), kes valiti 1934.a oftalmoloogia professoriks. Koos otorinolarüngoloogia prof. E. Saareste'ga koostas ta silmakliiniku uue hoone projekti ja juhendas 1938. aastal selle neljakorruselise kivihoone ehitamist kliiniku esimese hoone kohale. Sellest ajast peale töötavad hoones koos silma- ja kõrvakliinik. Teadusse on prof. J. Uudelt jätnud jälje silmavigastuste, silmakasvajate ja trahhoomi uurijana. 1941.a. siirdus ta Saksamaale, 1943-1944 juhatas uuesti Tartu silmakliinikut, siis sõitis jälle Saksamaale ja hiljem USA-sse, kus suri 1957.a.
Pärast prof J. Uudelt'i ärasõitu Saksamaale 1941.a. määrati kliiniku juhatajaks meditsiinidoktor Jüri Suurküla (1941-1944), kes hiljem töötas silmaarstina Rootsis.
II Maailmasõja ajal oli kliinik kannatanud, varustus oli laiali tassitud või vigastatud, ei olnud vajalikke aparaate ega operatsiooniinstrumente. Silmakliiniku tööd hakkas organiseerima ja varustust taastama Valentin Savi (1946-1958), kes 1. jaanuaril 1946 määrati oftalmoloogia kateedri ja silmakliiniku juhatajaks. 1949.a. kaitses ta kandidaadidissetatsiooni trahhoomi alal, 1950.a. sai dotsendi kutse ja töötas selles ametis kuni oma surmani 1958.a.
Samast aastast määrati õppetooli juhatajaks assistent Leo Schotter (1958-1989), kes 1964. a kaitses doktoridissertatsiooni silmasiseste võõrkehade magnetkirurgia alal ja 1967.a. sai professori kutse. 1975-1989 a juhatas ta ühendatud kõrva-nina-kurgu ja silmahaiguste kateedrit. Hea organisaatorina on ta olnud Eesti Oftalmoloogide Teadusliku Seltsi esimees ja Tartu Ülikooli nägemise tervishoiu laboratooriumi teaduslik juhendaja (1975-1991).Ta valiti Eesti Silmaarstide Seltsi ja Eesti Pimedate Ühingu auliikmeks. Prof. L. Schotter emeriteerus 1993.a ja suri 1997.a Teadlasena uuris ta silmavigastusi, katarakti ja glaukoomi ravi, lühinägevuse profülaktikat ja kirurgiat ning silma plastilise kirurgia küsimusi. Tal on ilmunud 188 teadustööd, ta on mitmete operatsioonimeetodite, aparaatide ja instrumentide autor. Väljaspool eriala oli ta tuntud amatöörheliloojana.
Alates 1990.a. kuni 31. dets. 1999.a. juhatas oftalmoloogia õppetooli ja silmakliinikut dots Aleksei Panov. Tema Moskvas kaitstud kandidaadidissertatsioon oli silmavigastuste alal. 1975-1991 oli ta TÜ nägemise tervishoiu laboratooriumi juhataja. Õppetoolis töötasid veel dots. Leo Schotter (jun.) ja vanemassistent Riina Pulges. Alates 1. jaanuarist 2000 kuni 31.detsembrini 2011.aastal juhatas silmakliinikut prof Pait Teesalu. 0,35 õppekoormusega oli vanemassistent Kuldar Kaljurand ja 0,2 koormusega Andres Külama. P. Teesalu Oulus, Soomes kaitstud doktoridissertatsioon on glaukoomi diagnostika alal.
Seoses Tartu haiglate reorganiseerimisega 1951. a. jagunes silmakliinik silmahaiguste kateedriks ja Maarjamõisa Haigla silmaosakonnaks. Silmaosakonnas on olnud statsionaarseid voodikohti 80 kuni 8 käesoleva ajani. Osakonna juhatajatena on töötanud Leo Schotter, Ella Rooks, Jossel Kropman, Aleksandra Gerassimova, Mare Veske, Imbi Kuus.
1998.a. valmis Kuperjanovi tn 1 kliiniku kivimaja osas uus kaasaegne operatsiooniblokk, mis toodi üle vanast, juba 1882.a. ehitatud puumaja osast. Kuna oftalmokirurgia oli muutunud oftalmomikrokirurgiaks osutus töö amortiseerunud, rappuvate põrandatega puumajas võimatuks.
Tartu Ülikooli Silmakliinikus on 130 aasta vältel ravitud kõiki Eestis esinevaid silmahaigusi, õpetatud üliõpilasi, täiendatud juba töötavaid silmaarste ja tehtud teaduslikku uurimistööd. Ravitud haiguste diagnoosid on muutunud seoses terve ühiskonna arengu, rahvatervise ja sotsiaalsete olude muutumistega. Kadunud on sellised pimedust põhjustavad haigused nagu trahhoom (silmamarjad) ja teised nakkushaigused. Tänu diagnostika, ravi ja operatsioonimetoodika paranemisele on oluliselt vähenenud pimedate ja nõrgaltnägijate arv Eestis.
2012.-2021. a juhatas Silmakliinikut dr Kuldar Kaljurand. 18.oktoobril 2013.aastal kaitses K. Kaljurand filosoofiadoktori kraadi arstiteaduses teemal "Eksfoliatsiooni sündroomi levimus Eestis ja selle kliiniline tähendus".
Silmakliinik kolis 2015. aasta lõpus aadressile L. Puusepa 8 ja alustas tööd J-korpuse uutes ruumides 5.jaanuaril 2016.aastal.
Alates 2021. a septembrist juhatab Silmakliinikut dr Mikk Pauklin.
