Kontaktandmed

SA TÜ Kliinikum Ühendlabor Kliinilise geneetika keskus


Tartu: L. Puusepa 2, 50406

Registaratuur/sekretär:

+372 731 9491

Fax:

+372 731 9484


Tsütogeneetika labor:
+372 731 9496


Molekulaardiagnostika labor:

+372 731 9489

 

Ainevahetushaigused/

vastsündinute skriiningu labor

+372 731 9485

Vaata kaarti

 

Tallinn: Hariduse 6, 10119

Registratuur:

+372 731 9170

Fax:

+372 6140 068

Arstide tuba:

+372 731 9172

Labor:

+372 731 9173

Mobiil:

+372 53319174

Vaata kaarti

Osa kasvajaid esinevad sagedamini perekondades ja lähisugulastel ning nende varajase avastamise ja seega ka paremate ravitulemuste huvides on oluline hinnata võimalikult täpselt haigestumisriski. Sellistest kasvajatest on sagedasemad pärilik rinna- ja munasarjavähk ning pärilik mittepolüpoosne munasarjavähk. Pärilikud vormid moodustavad mõlema paikme kasvajatest umbes 5-10% ning nende tekke eelsoodumust hindab vastava onkogeneetika spetsialist perekonnaanamneesi ning vajadusel tehtavate geenitestide tulemuste alusel. Praegusel ajal on geneetikakeskuse kaudu võimalik teha uuringuid rinna- ja munasarjavähi päriliku riski uurimiseks. Lähitulevikus on plaanis juurutada mittepolüpoosse jämesoolevähi päriliku riski uuringud.

Pärilik rinna- ja munasarjavähk 

Umbes 10% rinna- ja munasarjavähi juhtudest on põhjustatud pärilikult edasikanduva geenimutatsiooni poolt. Seda nimetatakse pärilikuks ehk perekondlikuks rinna- ja/või munasarjavähiks. Haigust põhjustavad muutused nn. rinnavähi geenides (BRCA1, BRCA2, CHEK2).
Antud haigus esineb suurema tõenäosusega perekondades, kus on teada mitmeid rinna- ja/või munasarjavähi juhte, või kui haigus on avaldunud varajases eas (enne 45.-50. eluaastat). Päriliku vähiga on tihti tegemist ka juhul, kui perekonnas on rinnavähk esinenud meestel; samuti juhtudel, kui vähkkasvaja tekib mõlemas rinnas.
Geneetikakeskuses toimuva konsultatsiooni käigus uuritakse ja nõustatakse patsiente järgmiselt:

  • Koostatakse põhjalik sugupuu arvestades pahaloomulisete haiguste esinemist
  • Arvutatakse välja risk haigestuda rinna- ja munasarjavähki
  • Teostatakse vastavad geeniuuringud (APEX geenitest või sekveneerimine)
  • Geenimutatsiooni olemasolul antakse soovitused edasiseks jälgimiseks ja uuringuteks ning tehakse kindlaks pereliikmed, kes võivad olla sama mutatsiooni kandjad
  • Geneetiku konsultatsiooni otsus vormistatakse patsiendile, perearstile, günekoloogile ja onkoloogile

Kuna vastavat geenimutatsiooni kandvate inimeste jälgimine erineb tavaelanikonnast, siis on päriliku rinna- ja munasarjavähi diagnoosimine väga oluline informatsioon nii patsiendile endale kui ka kõikidele teda ravivatele arstidele.

pdf Päriliku rinna- ja munasarjavähiga patsientide geneetilise konsulteerimise ja jälgimise juhend

*          *          *

Tabelist on leitav Illumina uue põlvkonna sekveneerimisel põhinev TruSight Cancer paneeli 94 pärilike vähisündroomidega seotud geeni info koos selgitustega

xlsx TruSight Cancer paneeli 94

*          *          *

Somaatilised muutused tuumorikoest (NGS, FFPE)

Somaatiliste muutuste määramiseks tuumorikoest kasutatakse järgmise põlvkonna sekveneerimisel (next generation sequencing-NGS) põhinevat paneelanalüüsi, mis võimaldab analüüsida samaaegselt muutusi 523 geenis DNA tasemel ning 55 geenis RNA tasemel. Kasutatakse Illumina® TruSight™ Oncology 500 (TSOnco 500 - Illumina®)  geenipaneeli, millega on võimalik detekteerida väikeseid ühenukleotiidivariante, insertsioone, deletsioone, splaiss-saidi variante, geeni fusioone ning immunoteraapia jaoks spetsiifilisi geenilookuseid. Eelkõige on TSOnco 500 mõeldud soliidtuumorite diagnostikaks ning on disainitud ja optimiseeritud eeskätt muutuste määramiseks paraffiinploki lõikudest (FFPE) eraldatud DNAst või RNAst. Esmaselt eraldatakse DNA ja RNA erinevatest FFPE lõikudest, kuid edasine töövoog toimub DNA ja RNA analüüsimisel üheaegselt.  TSOnco 500 geenipaneel on hetkel kõige suurema geenide arvuga kommertsiaalselt pakutav paneel, millel olevad geenid võimaldavad testida somaatilisi muutusi väga erinevates kudedes. Tootjapoolselt on sobivateks kasvajateks kopsu-, kolorektaal-, rinna-, munasarja- mao-, põiekasvajad, samuti võiks seda kasutada melanoomi, sarkoomide ja ka müeloidsete kasvajate korral (https://www.illumina.com/products/by-type/clinical-research-products/trusight-oncology-500.html). NCCN juhendites toodud testimist vajavate geenide nimekirjade järgi on ligikaudu 100% geenide katvus tagatud järgmiste kasvajate korral mitte-väike rakuline kopsuvähk, jämesoole kasvaja, pärasoolekasvaja, melanoom, rinnavähk, neuroendokriinsed kasvajad, emaka ja emakakaela kasvajad, maovähk, pankrease adenokartsinoom (Massard et al 2017) . Tootja info geenide nimekiri on kättesaadav antud peatüki lõpus ning ka TÜK Kliinilise geneetika keskuse kodulehel molekulaardiagnostika viide. Lisaks on võimalik antud paneeliga määrata ka mikrosatelliitide ebastabiilsust ning kasvajakoe mutatsioonikoormust. Mikrosatelliitide ebastabiilsus uuritavas koes viitab MMR süsteemi geenidefektidele (DNA vigadeparandus geenid), mis on seotud erinevate pahaloomuliste kasvajate progressiooniga. Samuti on MSI farmakogeneetiliseks markeriks teatud immuunoteraapiate korral (PMID: 31151482). Kasvajakoe mutatsioonikoormuse ühik on mutatsioonide arv ühe megabaasi DNA kohta. Kasvaja mutatsioonikoormust hinnatakse kategooriates „TMB-kõrge“, „TMB-keskmine“, „TMB-madal“ ja „TMB-määramatu“. TMB-kõrge vastab 20 või enamale mutatsioonile Mb kohta (Mut/Mb); TMB-keskmine vastab 6-19 Mut/Mb; TMB-madal on võrdne või vähem kui 5 Mut/Mb. „TMB-määramatu“ antakse vastuseks juhul, kui proovi kvaliteet ei ole piisavalt hea, et tulemust üheselt määrata.

Uuritav materjal, selle võtmine, saatmine ja säilitamine

Uuritavaks materjaliks sobib formaliinis fikseeritud parafiini sisestatud kasvajakude või metastaas. Soovituslik fikseerimise aeg alla 24h. Saatekirjale elektroonses tellimuses on vajalik märkida saatediagnoos, kasvajamaterjali päritolu, histoloogiline kirjeldus. Tuleb täita ka pabersaatekiri ning saata peale elektroonse tellimuse tegemist patoloogiateenistusse FFPE lõikude lõikamiseks. FFPE proovi saatmisel geneetiliseks uuringuks on vajalik, et patoloog hindaks kasvajarakkude sisalduse antud plokis.

xlsx Somaatilised muutused tuumorikoest 

Somaatilised muutused tuumorikoest (NGS, FFPE) geenide nimekiri