TÜK Sekveneerimisklaster kasutab mitmeid järgmise põlvkonna sekveneerimise instrumente ning omab täielikult varustatud laborit ja töötajaid, kes suudavad teostada mitmesuguseid sekveneerimis- ja genotüpiseerimisrakendusi - alates proovide ettevalmistamisest kuni andmete analüüsimiseni.

Sekvenaatorid

Illumina MiniSeq
Illumina NextSeq
Illumina NovaSeq X Plus

Genotüpiseerimine

Illumina iScan

Toetatavate rakenduste hulka kuuluvad:

Eksoomi sekveneerimine
Amplikonide sekveneerimine
Kogu genoomi (re)sekveneerimine / väikeste genoomide de novo sekveneerimine
Transkriptoomi sekveneerimine (totalRNA-seq, mRNA-seq, smallRNA-seq)
Kogu genoomi bisulfiitjärjestuse määramine (DNA metülatsiooni analüüs)
DNA ja valgu koostoimete analüüs (ChIP-seq)
Sihtmärgistatud sekveneerimine

Laboris rutiinses kasutuses olevad raamatukogude valmistamise kitid:

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Plus Enrichment
Illumina DNA PCR-Free
Illumina DNA Prep with Enrichment
Illumina DNA Prep
Illumina Stranded mRNA
Illumina RNA Prep with Enrichment

Genotüpiseerimine

Kogu genoomi genotüpiseerimine
PRS genotüpiseerimine
PGx genotüpiseerimine
Kohandatud genotüpiseerimine
SNP-de avastamine
DNA metülatsiooni analüüs

Nukleiinhapete eraldamine

Nukleiinhapete eraldamine erinevatest proovimaterjalidest. Võimalik on kasutada täisautomaatseid või manuaalseid lahendusi.

Bioinformaatilised teenused

Illumina Dragen V4

Lisaks laboriteenustele pakume ka andmesalvestuse ja bioinformaatika teenuseid. Teostame demultipleksimist, joondamist, diferentseeritud ekspressiooni analüüsi ja algoritmide koostamist spetsiaalsete lahenduste jaoks bioinformaatilises andmeanalüüsis.

Muud seadmed:

Thermo Fisher Scientific Nanodrop One
Thermo Fisher Scientific Qubit 4.0 Fluorometer
Agilent TapeStation 4200
Covaris ML230 fokusseeritud ultrasonikaator
qPCR (Roche KAPA, Qiagen jt.)
Thermo Fisher Scientific Savant SpeedVac DNA 130

Kontakt

Täpsem teave Mikk.Tooming@kliinikum.ee